Esta capilla ha tenido diferentes nombres a lo largo de la historia: Capilla de Los Rueda, capilla de Los Luna y finalmente capilla de Santa Bárbara. La advocación de esta capilla está estrechamente relacionada con la Academia de Artillería que anualmente celebra su fiesta patronal, Santa Bárbara, en esta iglesia de San Miguel.
Debajo del moderno retablo de Santa Bárbara se encuentra un cuadro de gran tamaño con la batalla de San Miguel que tiene el rótulo que dice “le dio don Antonio de Navacerrada para que la parroquia hiciere lo que le pareciere”. En el año 1720 cuando se realiza una de las mayores obras en la iglesia se documenta que se hace “el recuadro de San Miguel en la capilla de Los Rueda causa de que el retablo que tenía era muy viejo y estaba sumamente indecente”.
En esta reforma llevada a cabo en 1720 se colocó en esta capilla de los Rueda el Cristo doloroso gótico (que hoy se encuentra en el denominado “altar de la Minerva” pues se documenta que cuestan 12 reales las escarpias necesarias para colocarle se pagaron 7 reales y 17 maravedíes a los oficiales y maestros que colocaron la talla.
Esta capilla tiene uno de los sepulcros “de cama” más bellos de la ciudad junto con el de los Herrera en San Martín. El sepulcro de Diego de Rueda y su esposa Mencía Álvarez del Río, de alabastro, tiene la característica decoración plateresca.
